医院设有市呼吸中心、神经内科、心血管内科、消化内科、内分泌代谢科、肾内科、血透室、血液科、风湿免疫科、职业病·中毒救治·干部保健科、感染疾病科、普外科、神经外科、胸心外科、胃肠外科、乳腺外科、泌尿外科、肛肠外科、骨科、妇科、产科、儿科、中医科康复医学/中医骨伤科、眼科、耳鼻喉头颈外科、口腔科、皮肤科、烧伤整形外科、急诊科、重症医学科、体检部、检验科、输血科、疼痛科、放射影像科、超声影像科、心功能科、病理科、麻醉科、放疗科等临床和医技科室。
一、厦门市医学中心：厦门市呼吸疾病诊治中心。
二、厦门市规划重点专科：慢性肾病诊疗专科、泌尿结石诊疗专科、妇科腔镜专科、职业病中毒救治专科、脑卒中预警综合诊治专科、肿瘤放射诊断专科。
一、优势病种：肺部感染、慢性阻塞性肺疾病、哮喘、支气管扩张症、肺癌、肺结核、 胸腔积液、胸部肿瘤、急慢性肾功能衰竭、复杂性泌尿系感染、难治性肾病综合症、急慢性肾炎、间质性肾炎、急进性肾炎、精索静脉曲张、肾囊肿、肾上腺肿瘤、肾结石、输尿管结石、膀胱结石尿道结石、肾癌、肾盂癌、输尿管癌、前列腺炎、阴茎勃起功能障碍、早泄、男性不育、生殖器整形、性传播疾病、急性心肌梗死、心绞痛、高血压病、心力衰竭、心肌炎、心肌病、妇科肿瘤、多囊卵巢综合征、异常子宫出血、子宫内膜异位症、高泌乳素血症、女性不孕与不育、复发性流产，盆腔炎性疾病、盆底功能障碍、子宫内膜息肉、粘膜下肌瘤、宫腔粘连、异常子宫出血、子宫肌瘤。
二、优势技术：支气管镜介入诊疗、胸部肿瘤的经皮介入治疗、经皮肾穿刺活检、腹膜透析置管术、动静脉内瘘成形术、深静脉置管术、单纯肾切除、腹腔镜下肾部分切除、肾盂成型术、肾蒂淋巴管结扎术、肾癌肾盂癌根治性切除术、血液透析、连续性肾脏替代治疗、血液透析滤过、血浆置换、血液灌流技术、腹膜透析技术、气压弹道碎石技术、输尿管癌根治术、前列腺癌根治术、膀胱癌根治术、腹盆腔淋巴结清除术腹腔镜手术、硬质支气管镜下硅酮支架植入技术、硬质气管镜下的诊断、经软质支气管镜、硬质气管镜下置入支架。
